北京大学口腔医院第三门诊部是北大口腔医院第三个分支机构，位于北京市海淀区花园东路高德大厦A座2层及3层，现有诊疗面积约3325.60平方米，设有57台口腔综合治疗椅。第三门诊部执行北京大学口腔医院统一的医疗质量管理制度和收费标准，单位性质为国有非营利性，属于北京市基本医疗保险定点专科医疗机构。
第三门诊部现有员工150人，其中医生62人(硕士及以上学历的占88%以上)、护士70人，现设有综合一科、综合二科、修复科、正畸科4个临床科室，形成了以口腔综合治疗为特色，同时涵盖专科治疗的医疗格局。除了开展洗牙、拔牙、补牙、镶牙、牙齿矫正等常规口腔治疗外，还开设特色口腔医疗项目，如舌侧隐形矫治、CEREC椅旁CAD/CAM修复、冷光美白、无托槽隐形矫治、显微根管治疗以及牙齿种植治疗等。
第三门诊部始终坚持以患者为中心，将服务、关爱患者的理念落到实处，设置电话预约、微信小程序预约以及总院电话预约等多种预约渠道，大大缓解了患者挂号难的问题。同时，第三门诊部充分发挥总院对外宣传阵地的作用，积极开展多种公益活动，用北大口腔人的专业知识和技能切实为老百姓解除牙病困扰，大力弘扬北大口腔“厚德尚学、精医济世”的院训精神。