明基医院为明基友达集团投资兴建的中外合资合作医院，下设南京明基医院与苏州明基医院。其中南京明基医院占地600亩，总投资预计24亿元人民币。医院于2008年5月12日正式开业，凭借先进的医疗服务理念、杰出的两岸专家团队、人文的诊疗环境、尖端的医疗设备、高效的资讯系统、便捷的地铁交通资源、规范的三级医院收费和完善的医保报销体系，医院迅速发展壮大并获得越来越多病患的信赖。医院现日门诊量超过3000人次，开放病床1000张。依托高校教学科研资源及明医人自强奋斗的精神，医院设立科研启动专项资金、建设落成中心实验室并成为江苏省住院医师规范化培训基地，科研教学均取得了可喜的成绩。
在省市各项政策扶持下，依托集团强有力的支持、南京丰富的高校及医疗资源和地域优势，南京明基医院在建院两周年之际，提出了10年发展战略：以优质医疗服务为基础，以诚信为准则，以整合集成资源为手段，全面创建集医疗服务、生物科技研发、转化医学研究为一体的明基医疗中心(BenQ Medical Center)。
苏州明基医院是明基生技产业规划的又一重点项目，已于2012年12月开业试运营。医院选址于苏州国家高新技术产业开发区，位于苏州市西部，开放型经济发展迅猛，市政配套设施初具，集工贸、居住、旅游、娱乐功能于一体的商业街和商住区正在崛起。选择长江路与竹园路交会处约200亩地块，总体规划床位为2000张的综合性医院，总建筑面积为22万余平方米，其中首期1500张。该项目符合苏州市发展新区的总体规划，为未来发展预留了扩充与整合的空间。苏州明基医院初期发展重点为心脏中心、微创中心、肿瘤中心、创伤急救中心、健康管理中心，拟在五年之内打造特色专科，树立良好服务的口碑，逐步成为集科教研为一体的综合大型医院。