北京大学长三角光电科学研究院（Peking University Yangtze Delta Institute of Optoelectronics）是由北京大学与南通市政府共同发起成立的具有独立法人资格的新型研发机构。南通市委副书记、市长王晖和北京大学常务副校长龚旗煌院士任研究院共同理事长，龚旗煌院士兼任首席科学家，北京大学李焱教授任院长。
研究院在南通市人民政府的大力支持下，依托北京大学的科研和队伍优势，主要由北京大学物理学院、人工微结构和介观物理国家重点实验室承担建设任务，围绕先进光电材料、器件、装置和系统中的核心科学技术问题，开展前沿引领创新研究，促进科技成果转移转化，培育孵化科技企业，集聚培养高端英才，立足南通，为长三角区域光电产业以及新一代信息技术产业提供强大的科技创新支撑，促进光电产业基础高级化和产业链现代化，打造校地合作新的范本，建设具有国际影响力的光电研发和产业发展的创新平台。
研究院现已入驻4个研究室：高分辨显微成像研究室、光电子芯片与信息系统研究室、微纳光学精准检测与量子感知研究室、能源光电子研究室。