南京深国际港口发展有限公司作为深国际全资子公司，负责统一管理深国际港口项目的投资、建设、运营，统筹港口及供应链业务。自成立以来，公司坚持创新发展，以打造具备深国际特色的港、航、供应链一体化业务、构建互联互通的服务平台为目标，加大投资拓展力度，先后布局长江等内河流域，在长江中下游、赣江、淮河流域等多地与地方政府、大型国企达成合作。公司目前拥有南京西坝码头有限公司、南京西坝港务有限公司、深国际供应链管理南京有限公司、河南豫东深安港务有限公司、丰城市赣港港口经营有限公司等成员企业。
“十四五”战略规划实施期间，公司将贯彻落实“长江港口联网行动”，在长江中下游、赣江、淮河流域等更大的水运系统，通过投资新建、并购等方式，寻求关键节点码头资源，布局大网络，打造一流现代化的绿色智慧化港口，构建多业态、轻重并举的港航供应链升级业务体系。