2005年3月28日，在国务院关于深化农村信用社改革的金融方针指引下，经云南省委、省政府和中国银监会批准，云南省农村信用社联合社（以下简称省联社）正式成立。省联社受省委委托，对全省农信社党的工作实行“垂直领导、统一管理”，受省政府委托，履行对全省农信社“管理、指导、协调、服务”职能。
云南的农信事业起步于1952年，按照中国人民银行***次全国农村金融工作会议精神，9月至11月期间，在云南的蒙自县新平乡、昌宁县漭水乡和宜良县蓬莱乡分别成立了农村信用社，此后的50年间，云南各地农村信用社陆续成立，并先后经历了人民公社管理、农行管理、人行代管、银监代管四个阶段。省联社成立12年来，在省委、省政府的正确领导下，按照全省农信系统一盘棋的总思路，团结带领各级行社坚守“诚信服务、合作共赢”的企业文化和“立足‘三农’，服务城乡，支持中小微企业，促进经济社会健康发展”的市场定位，构建起以支农支小为“主体”，公司业务（优质项目和企业）和资金业务为“两翼”的经营新格局，有效提升了全省农村信用社整体竞争实力和可持续发展能力。
目前，全省农信社形成了以省联社为核心、2个市联社、14个州市办事处、98个县级联社、3个农合行、29个农商行为一体的三级法人体系。截至2017年末，全省农村信用社（含农村合作银行、农村商业银行）存款余额7855亿元，贷款余额5177亿元，营业网点2335个，自助设备13800余台，金融服务覆盖城乡，经营规模稳居全省金融机构***。